Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人…

十一年一次的祭典即将在正十字学园町召开，奉命随同奥村雪男（福山润 配音）处理幽灵列车事件，却因奥村燐（冈本信彦 配音）和诗绘美（花泽香菜 配音）自作主张，导致事态朝着最混乱的方向发展。暴走的列车不仅损坏大量建筑和设施，还压垮了一个年代久远的神社。遭受禁足惩罚的燐被命令监管原本封印在神社中的少年恶魔，可是在他眼里，那只不过…

这里是人、神、魔等种族共同生活的神秘世界，密斯塔尔希亚　　过去，黑银之翼的巴哈姆特曾几乎令这个世界毁灭　　但人，神，魔三族共同战斗　　作出了巨大的牺牲后，终于把它的力量封印了起来　　接着，神与魔两方分别保存着封印钥匙的一半　　二千年以后，世界始终和平安宁　　不知从什么时候起，人类将巴哈姆特当作了独一无二的尊贵存在，畏惧…

日野秋晴（兴津和幸 配音）从小就失去了父母，无依无靠的他被叔父收养，悲惨的命运令秋晴的肩膀上背负了沉重的枷锁。白丽陵高中以其培育完美无瑕的大小姐的能力闻名世界，近日里，学校新设立了“从育科”，为的是培养能够配得上完美大小姐的管家和女仆，日野秋晴通过了考试，成为了校园里的新学员。　　因其怪异的造型和凶恶的眼神，秋晴在校园…

这一天，个性温柔的美少女万城目富美（高部爱 配音）即将开始崭新的高中的生活，此时，一个熟悉的身影出现在了她的视线中。名叫奥平明（仪部ゆう子 配音）的女孩，竟是富美分别了近十年的青梅竹马。这意外的相遇为久违的两人带来了小小的惊喜和快乐，而富美对小明的感情，也在相处的时日中渐渐明朗。爱哭的富美和活泼好动的小明，这一对性格迥异…

不幸的少年，高中生绫崎飒，为浪费无度的父母而被迫辛苦打工，怎知道借了1亿5000万日元高利贷的父母却逃之夭夭，用绫崎飒本人抵债。　　为了偿还高额巨债与逃避高利贷的追杀，绫崎飒选择诱拐一名少女。但阴差阳错，他却成了将这名少女从绑匪手中拯救出来的英雄。　　深受感动的少女表明身份，原来她是大富翁家的大小姐三千院凪。凪不仅帮绫崎飒…

在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目，偶然与以前的同学结城重逢，由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时，夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她，现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流，心境也变得平和。但这对母子居住的城镇，却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后，寄生于猫咪老…

由于违反了宿舍规定而被逐出住所的神田空太（松冈祯丞 配音）带着自己的爱猫流落在街头，不得已，他只能够住进了人称“问题学生集中营”的老旧宿舍——樱花庄。果然，接二连三出现的怪人让空太更加确信了流言的可信度，但在相处的同时，空太也发现，虽然身为问题学生，但樱花庄稀奇古怪的住 客们其实都有着天真和善良的心地。　　202号房的椎名…

某一天，活力少女有原亚由美（伊濑茉莉也 配音）突然遭到了来自大猩猩的告白，而定眼一看才发现，站在眼前的，是长相粗犷的高中男生财津操（乃村健次 配音）。令亚由美困扰的是，她真正喜欢着的，却是操的弟弟财津卫（入野自由 配音）。同时，亚由美还有着另一个追求者——有原有二（吉野裕行 配音）。身为哥哥的有二是一个重度妹控，可是显然亚…

充满神秘气息的古代土地“上津未原”，那是发生在比这个国家的历史还要早的从前的事……不现实的原定、痛彻心肺的感情，在这片不吉利却又美丽的土地上深深的扎根……以统治着上津未原的“桃歌台学园”和上津未原的豪门家族“守东家”的人们为中心展开了一段幻想奇妙的恋爱绘卷。