初代小林少年のひ孫・小林芳狼は、親友のワタリ、そして幼なじみにして明智小五郎のひ孫である明智小夜と共に、ごく平凡な高校生活を送っていた。そんなある日、芳狼の前に10年ぶりに怪人二十面相が姿を現す。二十面相は「約束の時は近い」とだけ言い残し去って行く。果たして二十面相の言う「約束」の真意とは…？ 　同じ頃、学園には次々と怪…